بین سال های ۱۱۸۵ تا ۱۸۶۸ میلادی مقام شوگون به بلندپایه ترین فرمانده نظامی ژاپن اطلاق می شد. هر فرمانده نظامی که موفق می شد فئودال ها (دایمیو) را مطیع خود کند نزد امپراتور رفته و از وی می خواست حکومتش را به رسمیت بشناسد و شوگون شود. اولین بار در سال ۱۱۹۲ میلادی میناموتو نو یوریتومو مقام شوگون را از امپراتور دریافت کرد. شوگون ها به مدت حدود هفتصد سال عملا بر ژاپن حکومت می کردند. توکوگاوا ایه یاسو (متوفی به سال ۱۶۱۶ ) معروف ترین شوگون ژاپن است. خاندان او ۲۵۰ سال بر ژاپن فرمان راندند. توکوگاوا یوشینوبو آخرین شوگون ژاپن بود که در سال ۱۸۶۷ از سمت خود استعفا کرد و قدرت را به امپراتور میجی سپرد.