هدف اصلی این کمیسیون ملی حمایت از زنان است. این کمیسیون در تاریخ ۹ اکتبر ۱۹۹۸ بر اساس حکم ریاست جمهوری شماره ۱۸۱ سال ۱۹۹۸ تشکیل و توسط مقررات ریاست جمهوری شماره ۶۵ سال ۲۰۰۵ تقویت شده است. حکم ریاست جمهوری شماره ۱۸۱ سال ۱۹۹۸ در ماده ۴ اهداف از تشکیل کمیسیون ملی زنان را اینگونه بیان می کند:

· ترویج درک نسبت به تمام انواع خشونت موجود علیه زنان در اندونزی،

· ایجاد شرایطی آرام و مساعد برای حذف و محو تمامی انواع خشونت علیه زنان در اندونزی،

· افزایش تلاش برای جلوگیری و رسیدگی از بروز همه انواع خشونت علیه زنان و حمایت از حقوق بشر برای زنان،

برای رسیدن به این اهداف، کمیسیون ملی زنان موظف است فعالیت های گوناگون را طبق ماده ۵ از حکم ریاست جمهوری انجام دهد که عبارتند از:

· ترویج درک نبست به تمام انواع خشونت ها علیه زنان اندونزی و تلاش برای جلوگیری و رسیدگی و حذف تمام انواع خشونت علیه زنان،

· مطالعه و تحقیق از ابزارهای مختلف سازمان ملل متحد در مورد حمایت از حقوق بشر زنان و قوانین و مقررات موجود، و همچنین ارائه پیشنهادات و ملاحظات مختلف به دولت، قوه مقننه و جامعه جهت تدوین و تنظیم مقررات و سیاست های مربوط به تلاش برای جلوگیری و رسیدگی از تمامی اشکال خشونت علیه زنان اندونزیایی و حمایت و اقامه حقوق بشر برای زنان،

· نظارت و تحقیق، از جمله کشف حقایق و واقعیت ها در مورد همه انواع خشونت علیه زنان و ارائه نظرات، پیشنهادات و ملاحظات به دولت،

· انتشار نتایج نظارت و تحقیق در مورد وقوع تمامی اشکال خشونت علیه زنان در میان جامعه،

· اجرای همکاری منطقه ای و بین المللی جهت افزایش تلاش ها برای جلوگیری و رسیدگی از خشونت علیه زنان در مسیر تحقق حذف تمامی انواع خشونت علیه زنان.