دانشگاه ماناس در سال تحصیلی ۱۹۹۷-۱۹۹۸ و بدنبال تصویب قرارداد تأسیس دانشگاه قرقیزی-ترکی ماناس در پایتخت قرقیزستان توسط ارگان های ذیصلاح فعالیت خود را آغاز کرد. توافقنامه تاسیس این دانشگاه  در تاریخ ۳۰/۰۹/۱۹۹۵ توسط دولتین جمهوری ترکیه و جمهوری قرقیزستان در شهر ازمیر به امضا رسیده بود.

رسالت این دانشگاه ارائه آموزش های مشترک، گسترش ایدئولوژی و همکاری بین جوانان قرقیز و ترک و نیز دیگر اقوام ترک زبان است. جوانان تلاش دارند دانش و علم  خود را در جامعه امروز چه در کشور خود و چه در خارج بکار گیرند. این کادرهای متخصص قادر هستند سهمی در توسعه علم در دنیا داشته باشند. این کار باعث می‌شود دانشگاه به احیای تمدن ترک زبان کمک کند.

ایجاد دیدگاههای علمی و جهانبینی در ذهن دانشجویان مبنی بر اینکه اقوامی خویشاوند وجود دارند که دارای فرهنگ، زبان مشترک، دل ها و روحیات و ذهنیت و البته مسیر تاریخی مشابه هستند – مباحثی است که  از دوره مقدماتی با یادگیری زبان های قرقیزی و ترکی و تاریخ تدریس می شود. هدف اصلی ارائه این مباحث قبل از هر چیز، شناخت فرهنگ های این دو ملت و نیز دیگر اقوام ترک زبان و نیز استفاده و ترویج این دانسته ها است.  در دوره مقدماتی دانشجویان نه تنها زبان یاد می گیرند بلکه با فرهنگ و آداب و رسوم دو ملت نیز آشنا می شوند.

این دانشگاه با برگزاری آزمون ورودی دانشجویان قرقیزی را پذیرش می‌کند. دانشجویان ترکی پس از گذراندن آزمون در مرکز پذیرش دانشجویان ترکیه قبول می شوند. دانشجویان دیگر کشورها و اقوام ترک زبان نیز از طریق آزمون و توسط مرکز پذیرش دانشجویان جمهوری ترکیه ویژه کشورهای ترک زبان پذیرش می شوند.

دانشگاه ماناس دارای شخصیت حقوقی است  و مانند دیگر دانشگاه های ترکیه از استقلال علمی برخوردار است. تحصیل در دانشگاه رایگان است و علاوه بر این به دانشجویان کمک  هزینه تحصیلی پرداخت می‌شود و دانشجویان برگزیده کمک هزینه ویژه بابت موفقیت های تحصیلی دریافت می کنند. دانشگاه کلیه منابع و کتاب های درسی دانشجویان را تأمین می کند. ناهار دانشجویان در ناهارخوری دانشگاه با تخفیف عرضه می شود. دانشگاه مجهز به چند خوابگاه دانشجویی می باشد. زبان های اصلی تدریس قرقیزی و ترکی است. همچنین، زبان های انگلیسی، روسی و چینی نیز تدریس می شود.

به علاوه هر سال پنج تن از دانشجویان ممتاز هر گروه آموزشی در طی تعطیلات تابستان دوره کارآموزی خود را در رشته مورد نظر در شهرهای ترکیه می گذرانند. سفر به ترکیه و تمام هزینه های اسکان، تغذیه و تبادل تجربیات به عهده دانشگاه میزبان می باشد.

در دانشگاه قرقیزی – ترکی ماناس در سال تحصیلی ۲۰۲۰-۲۰۱۹ میلادی ۵۶۹۸ دانشجو از جمله ۴۲۹۶ دانشجو در مقطع لیسانس، ۹۲۲ دانشجوی خارجی ۳۵۷ دانشجو در مقطع کارشناس ارشد و دکترا، ۱۴۰۲ دانشجوی مقدماتی مشغول به تحصیل بودند.

این دانشگاه شامل ۹ رشته آموزشی، ۲ مدرسه عالی، ۱ مدرسه مهارتی، ۱ انستیتوی علوم انسانی، ۱ انستیتوی علوم اجتماعی، ۳۸ گروه آموزشی است.

همچنین در دانشگاه قرقیزی- ترکی ۵۴۲ استاد فعالیت می کنند و از آنها ۱۷۴ نفر اساتید خارجی می باشند.