مرکز مطالعات حوزوی الهدی به میراث علمای دینی اهتمام دارد تا تلاش های فکری و نقش ها و مواضع آن ها را به نسل های آینده معرفی کند.
پس از آنکه متوجه شدیم امام خامنه ای (دام ظله) بر این امر تأکید می کند و به ویژه در مورد علامه البهابادی تأکید و توصیه هایی دارد به خاطر فضل و نقش علمی و عملی او، مرکز الهدی در تهیه بخش دوم زندگی علامه البهابادی مشارکت کرد.
شایان ذکر است که پس از ارائه بخش اول و دوم به مرجع عالیقدر آیت الله سیستانی، ایشان بسیار خوشحال شدند و گفتند: "شما را به توجه به زندگی علمایی که در حفظ علوم اهل بیت (علیهم السلام) تلاش کرده اند، توصیه می کنم. "
..........
محتویات کتاب:
اول: کتاب الحاشیة تالیف ملا عبد الله بهابادی یزدی ـ دکتر حیدر سلمان زوین
این تحقیق شامل معرفی تلاش های علامه بهابادی و سپس روش شناسی کتاب الحاشیه یا معرفی آن است. پژوهشگر شواهدی را که علامه در حاشیه به واژه ها و اصطلاحات مختلفی مانند "جنس عالی و سافل"، "عموم و خصوص"، "کلی و جزئی" و "نسب چهارگانه" پرداخته، مورد بررسی قرار داده است.
همچنین نشان داده می شود که چگونه این اصطلاحات بعدها به ماده ای علمی تبدیل شده که توسط نسل ها و طلاب علوم حوزوی مورد استفاده ی مستمر قرار می گیرد.

دوم: رابطه ی جدلی میان ملا عبدالله و شیخ المظفر در المفرد والمرکب: الباحث خالد جعفر مبارک
پژوهشگر به بررسی تأثیرپذیری علمای اصولی نجف اشرف  و طلاب فلسفه و علم کلام و منطق، از جمله شیخ محمد رضا مظفر از روش علمی علامه البهابادی می پردازد و میزان ارتباط در روش استدلال را تحلیل می کند که نشان دهنده عظمت ملا عبدالله است.

سوم: دلایل نزدیک شدن علمای شیعی به حکومت صفوی ـ حسن عبد
این تحقیق شرایط عینی، اجتماعی و سیاسی را توضیح می دهد که موجب شد علمای دین از حکومت صفوی حمایت کرده و به آن نزدیک شوند. سپس حمایت ملا عبدالله از حکومت صفوی و علل و نتایج آن را توضیح می دهد و اینکه چگونه این روش به گسترش مذهب شیعه و کمک به ترویج فکر و فقه شیعه انجامید. همچنین بررسی می کند که در آن دوره، جامعه ایرانی از مرحله صوفی گری به مرحله ای با هویت روشن تر منتقل شد که عبارت بود از پذیرش مذهب جعفری اثنی عشری.

چهارم: حاشیه ی ملا عبدالله و عقلانیت سیاسی
با توجه به اینکه ملا عبدالله بهابادی یکی از بارزترین علمای شیعه است و به حمایت از حکومت صفوی روی آورد، این امر توسط پژوهشگران به عنوان "عقل سیاسی" یا فکر سیاسی تلقی شده است. پژوهشگر تأکید می کند که این روش منجر به گسترش علوم شد، زیرا سیاست برای علامه فرصتی برای خدمت به مذهب و ترویج علوم اسلامی بود.
بنابراین، او به تألیف متون آموزشی کمک کرد و همچنین در ایران و نجف اشرف به عنوان یک حاکم و عالم بارز شناخته می شد.

پنجم: خدمت به حرم شریف علوی ـ أحمد أمانی
این تحقیق به بررسی نقش بهابادی در توسعه و خدمت به حرم علوی می پردازد و اشاره می کند که او سادن (خادم) و خزانه دار وقف ها و اموالی بود که به حرم علوی می رسید.

ششم: نقش ملا عبدالله در توسعه ی علم منطق ـ حامد صدر

هفتم: شرایط فکری و سیاسی که ملا عبدالله بهابادی در آن زندگی کرد
این تحقیق شامل توضیح شرایط بروز و تصدی ملا عبدالله در شرایط آن دوران در اروپا بین سال های ۱۵۳۱ تا ۱۵۹۷ میلادی است، سپس شرایط داخلی ایران و عراق را بررسی می کند و به بحث در مورد فضای امنیتی و سیاسی در ایران و نقش حاکمان عثمانی می پردازد. همچنین تلاش ها و روابط سیاسی و فکری در سایه ی این شرایط را مورد بررسی قرار می دهد.

هشتم: استراتژی های علامه البهابادی در اداره ی امور نجف اشرف – د. حسین عبدی
این تحقیق به بررسی نقش علامه بهابادی در نجف بین حکومت، قضاوت، تألیف، تأسیس حوزه و نوشتن متون علمی در فلسفه و علم کلام و بحث با علمای مذاهب دیگر می پردازد.
............
توضیحات
1- کتاب برای برجسته ترین علمای نجف اشرف و بیوت مراجع و اساتید حوزه ها توزیع شده است و آن ها از تلاش های مرکز الهدی در نشر و تألیف درباره یکی از برجسته ترین علمایی که در تأسیس متون علمی حوزه نقش داشته و همچنین معرفی نقش سیاسی او و ارتباطش با نجف اشرف، تقدیر و تشکر کردند.
2- این کتاب همچنین برای دانشگاه های عراق و آستان های مقدس علوی، حسینی، عباسی، کاظمی و سامرا ارسال شده است.
3- این کتاب در چندین نمایشگاه شرکت کرده است، از جمله نمایشگاه آستان مقدس حسینی و نمایشگاه کتاب بغداد.
4- این کتاب بر نقش علامه بهابادی در نجف اشرف تمرکز دارد که باعث شده علمای بزرگ، فضلا و پژوهشگران در نجف اشرف به این کتاب توجه کنند، به ویژه پس از آنکه تاریخ و نقش او در نجف و فضل او در تدوین متون منطق و فلسفه را شناخته اند، در حالی که این موضوع برای بسیاری ناشناخته مانده بود.
5- آیت الله شیخ هادی آل راضی بر اهمیت پژوهش درباره علمای مختلف در قرن های گذشته و نقش آن ها در تأسیس حوزه ها و تدوین متون تأکید کرد و گفت که فرهنگ یک ملت بر شناخت دانشمندان  و علمای آن استوار است. در حالی که افرادی مانند علامه بهابادی که نقش بزرگی در مدیریت نجف و تأسیس متون درسی حوزه دارند، حتی در نجف اشرف نیز ناشناخته مانده اند. او با لبخند گفت: "طلاب علوم دینی در حوزه علمی حاشیه و منطق را می خوانند اما چیزی درباره زندگی مؤلف آن نمی دانند. " ایشان سپس از مرکز الهدی تشکر کرد.
6- اکنون بخش اول و دوم کتاب "نظام فکری و جهادی علامه بهابادی" به زبان عربی، در کتابخانه های عراق، دانشگاه ها، کتابخانه های عتبات، کتابخانه های خیابان المتنبی و همچنین در اینترنت و در مرکز الهدی موجود است. این ها دستاوردهای مهمی هستند که به تعمیق رابطه نسل حاضر با نسل ها و علمای پیشین کمک کرده و جوانان و اقشار مختلف امت را با علمای دین آشنا می کنند